Представлено програмний комплекс UAV-CPS-Analyzer для моделювання та аналізу надійності кіберфізичних систем безпілотних літальних апаратів в умовах електромагнітних завад. Архітектура програмного забезпечення побудована за модульним принципом на мові Python з використанням бібліотек NumPy, SciPy та multiprocessing для паралельної обробки даних. Реалізовано обчислювальний алгоритм Монте-Карло для статистичного аналізу комунікаційних протоколів з підтримкою технології псевдовипадкового перелаштування робочої частоти. Розроблено модуль емуляції протоколу OcuSync для оцінки стійкості каналу керування. Проаналізовано архітектуру багаторівневої системи захисту з інтеграцією різнотипних сенсорів та алгоритмів машинного навчання для класифікації загроз. Окремо розглянуто особливості оптоволоконної архітектури комунікаційних систем безпілотних літальних апаратів (БпЛА) та їх вплив на методи детектування.