Розглянуті основні етапи проєктування контейнерного терміналу як складної стохастичної технічної системи: постановка завдання (вона має бути єдиною); вибір та визначення елементів технологічних зон та структури контейнерного термінала, як різних зв'язків між елементами системи; аналіз функціонування системи (включно з його моделюванням); облік взаємодії системи з довкіллям; розгляд результатів роботи контейнерної транспортно-технологічної системи та експлуатації. Визначено, що ця загальна методологія може бути використана під час створення або аналізу будь-якого іншого перетворення технічної або соціальної системи, яка отримує потік якихось об'єктів з одним набором параметрів, обробляє його через свою структуру та видає їх з інших параметрів.