На основе низкотемпературных СКВИД-сенсоров создана сверхчувствительная магнитометрическая система для исследования наночастиц в биологических объектах. Рассмотрены основные особенности СКВИД-магнитометрической системы и информационной технологии при регистрации и анализе магнитных сигналов от органов лабораторных жи-вотных. Приведены экспериментальные данные работы магнитометрической системы и алгоритмов регистрации и обработки данных при исследовании физических моделей (мелких животных) с наночастицами.