Запропоновано методологію проєктування застосунків для систем із масовим паралелізмом на прикладі GPGPU-систем, орієнтовану на алгоритмічний етап проєктування. Розглянуто два етапи проєктування: створення формальної специфікації та її дослідження і верифікація. Для першого етапу запропоновано використання математичних апаратів системи алгоритмічних алгебр/модифікованої системи алгоритмічних алгебр та транзиційних систем. Для другого етапу проаналізовано використання мережевих та автоматних моделей і наведено переваги кожної моделі. Зокрема, проведено дослідження моделі обчислень в архітектурі NVIDIA CUDA за допомогою мереж Петрі, а також формул лінійно-темпоральної логіки та автоматної моделі.