Розглянуто підхід до обробки слабоструктурованих текстових даних клінічних протоколів, що зберігаються та розповсюджуються у вигляді файлів у pdf-форматі. У ході роботи вирішено задачу первинної обробки даних клінічних протоколів на прикладі уніфікованого клінічного протоколу первинної, вторинної (спеціалізованої) та третинної (високоспеціалізованої) медичної допомоги. Розроблено метод обробки текстів клінічних протоколів для створення чіткої структури симптомів хвороби та видобування даних при прийнятті медичних рішень.