Під час вдосконалення системи контролінгу на автотранспортному підприємстві необхідно дослідити фінансові, організаційні та операційні аспекти. Фінансові аспекти передбачають запровадження контролінгу методів та процедур у сфері бухгалтерського обліку, бюджетування, управління робочим капіталом і фінансами, а також у маркетинговій політиці. Аспекти, пов’язані з організацією діяльності підприємства передбачають впровадження ефективних методів і процедур у формуванні та удосконаленні організаційної структури, вирішені правових питань, а також в управлінні людськими ресурсами. Аспекти операційної діяльності охоплюють питання планування поточної діяльності підприємства, управління експлуатаційною діяльністю, технічним обслуговуванням і ремонтами, логістикою автотранспортного підприємства, інформаційними системами.