Предлагается метод для оценки весовых коэффициентов, устанавливающих степени важности функций управления в общей структуре комплексной интегрированной системы управления вузом, а также для оценки объёмов выполненных работ. Данный подход, основанный на применении метода нечёткого логического вывода, позволяет агрегировать полученные уже на начальной стадии экспертные оценки факторов воздействия и тем самым более взвешенно оценивать показатели эффективности организационной структуры вуза.